Projektin tai projektivaiheen poistaminen ei ole mahdollista, jos projektille/projektivaiheelle on kohdistettu jokin seuraavista tapahtumista: myyntilasku, ostolasku, kirjanpidon tosite, matkalasku, työtunti- tai työaikakirjaus, CRM-tapahtuma, resursointi, poikkeama, myyntitilaus, huoltotyö, ostotilaus, varastotapahtuma, LemonFiles-dokumentti, käyttöomaisuuden hyödyke, tuotantotyö tai jos työmaa on kohdistettu projektille.
Ohjelma huomauttaa tällöin projektin poistossa: "Projektille/Projektivaiheelle on kohdistettu tapahtumia, eikä sitä voida poistaa”.